El CSUCA tiene como objetivos estratégicos contribuir a la integración y el fortalecimiento de la Educación Superior en la Región Centroamericana, fortaleciendo el desarrollo institucional de las Universidades Públicas de Centroamérica en el marco de la Autonomía Universitaria, promoviendo la internacionalización de las universidades e impulsando cambios e innovaciones académicas acorde con las necesidades de los países de la región frente a los desafíos del siglo XXI.